>C:\WINDOWS\PCHealth\HelpCtr\Binaries\MSConfig.exe

１．MSConfig.exe
　OSによりますが、このファイルは正規のファイルと思います。
　このファイルをダブルクリックして「システム構成ユーティリティ」の画面が表示されればこれ自体は問題ないと思います。

regperf.exeは何ですか

２．ウィルスの残骸
　しかし、「HijackThis」でこの項目を削除しても再現されるということは、この設定を書き込むファイルが別途存在する可能性があります。
　「HijackThis」とStartupListを使って詳細に調べる必要があります。
　
　例えば「HijackThis」で下記項目が残っていれば削除してください。
　O8 - Extra context menu item: ?????? - C:\WINDOWS\system32\openme.htm

どのように私はインターネットのファイルのリストを削除するには

３．CWS.Msconfig
　
　CoolWebSearch系のウィルスで、正規のファイルにウィルスファイルを上書きインストールすることがあります。

　しかし、これは、Windows 98/98SE/MEの場合であって、インストールする場所も違います。

　またスタートページや検索ページが書き換えられている場合、新種のウィルスの可能性もあります。

４．「HijackThis」の誤認
　その場合、IgnoreListに登録して、「HijackThis」のログに表示させない方法があります。